大ヒットしたPS2用ゲームソフト「ペルソナ３」を原案とした、完全オリジナルアニメーション！！
兄弟が再び出会うとき、運命のペルソナが目覚めるーー。
少年少女達が織りなす、ジュブナイル・ドラマ・・・

舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発生した“同時多発無気力症”による災害から復興を遂げた未来型新興都市である。
高校生の神郷慎（カンザト シン／17歳）は、弟の洵（ジュン／14歳）と共に、長男で綾凪市の若き警察署長である諒（リョウ／28歳）と10年ぶりに再会する。

その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われていた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。
兄弟達の運命の歯車が今回り始める——。