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不可思議な存在“妖”と戦う“祓忍”風巻祭里は、幼馴染の花奏すずを狙う妖・シロガネを見つける。妖を友達と考えるすずはシロガネをかばうが、実はシロガネは “妖の王”で、 “妖巫女”のすずを食らおうとしていた。シロガネの正体を知った祭里はすずを追う！

“性醒流転”を受けた祭里は女子として高校に入学。そして学校では、妖力を封じた“封神の巻”を奪おうとするシロガネの襲撃が！　シロガネの手引きで現れた妖がすずを狙うが、祭里はこれを一閃。そしてすずと一緒にいるために女友達になることを申し出る。

すずはシロガネと友達になるべく“すずだんご”で手懐けようとする。祭里はすずを見て、妖と友達の彼女に憧れていた幼少期を思い出していた。そんな彼らを“神速の祓忍”二ノ曲宗牙がうかがう。宗牙は好敵手の祭里のふがいなさに苛立ち、引導を渡そうと決意！

すずの女友達として振る舞うものの、弥生とルーシーへの接し方が分からない祭里。弥生も祭里と仲良くしようとするが、転んで抱き着いたりとスキンシップで失敗を繰り返してばかり。しまいには祭里に避けられていると落ち込むが、その原因は妖にあった！

祭里の部屋に現れて消えたすずは、分身の妖“オモカゲ”だった。しかもオモカゲはどこかをさまよっているらしい。このままではすずの身が危険にさらされると、祭里とシロガネは夜の街を探し回る。その時すずが嗅いだ匂いは、大好物が売っている牧場の匂い…！

ある日ルーシーが祭里たちに、たまたま撮った心霊写真を見せる。そこに写っていたのは、負の残留思念“異魂”。このままではルーシーが憑依されると感じた祭里は、彼女の家で密かに祓おうとするが…なぜか、すず・弥生と一緒のパジャマパーティーに展開する!?

祭里たちの学校に有名画家・歌川画楽が取材に訪れた。その正体が妖であると気付いた祭里が画楽を問い詰めると、シロガネを元の姿に戻すため封神の書を狙っているという。絵を具現化する画楽の“画現術”により翻弄される祭里たち。果たして画楽の真の目的は？

着装具が壊れたため、祭里はすずと共に馴染みの“コウロギ”を訪れる。そこは表向きは古びた玩具店だが、密かに祓忍具も並ぶ忍具店であった。店を切り盛りするのは、祓忍具の開発を専門とする香炉木恋緒。そして恋緒にとって祭里は“初めての人”らしい…!?

すずだんごのお替りをねだるため、男祭里に変化してすずを誘惑するシロガネ。そしてシロガネは変化した姿のまま、近くでUFO召喚の儀式を行っていたルーシーと遭遇してしまう。ルーシーは男祭里のシロガネを宇宙人と勘違いしたうえ、彼に惚れ込んでしまい…。

美少年の転校生・日喰想介がすずに声をかけてきた。ケガをした妖を見つけて、すずに助けて欲しいとのこと。しかし彼の正体は異魂から進化した最上位種の妖“人妖”。すずを食らうために罠にかけたのであった。すずを助けるべく敵地へ向かう祭里と宗牙だが…!?

日喰の前に祭里は倒れた。シロガネが本来の姿で日喰に挑むが、シロガネもまた日喰の能力に苦戦する。すずを守りながら、己の心境の変化を噛みしめるシロガネ。そして善戦空しく、すずが日喰に捕まった！　彼女が日喰に飲まれる寸前、一陣の風が吹いて…!!

シロガネに代わり妖の王になることを決意したすず。その試験として、困っている妖を助けることに。一方、すずへの恋心を自覚した祭里は、宗牙に恋愛を焚きつけられていた。そこに恋緒も高校に転入してきて…。妖巫女を巡る騒動はまだまだ始まったばかり！